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Eine duale Strukturierung weist einerseits dem Verband die Geschäftsführung, Interessensvertretung und Entscheidung über Richtlinien und andererseits der Dienststelle beim Land OÖ die operative Ausführung und Überprüfung der Anlagen zu. Die Satzungen und Geschäftsordnungen des Verbandes für Vorstand, Aufsichtsrat und Geschäftsführung entsprechen dem Genossenschaftsgesetz. Die Prüfung des Verbandes, der im Firmenbuch eingetragen ist, nimmt der Raiffeisenrevisionsverband wahr.
Die Dienststelle Oö. Wasser ist in der Abteilung Grund- und Trinkwasserwirtschaft, Direktion Umwelt und Wasser beim Amt der Oö. Landesregierung organisiert. Der Leiter der Arbeitsgruppe ist in Personalunion Geschäftsführer des Verbandes.
